Xuất phát từ luận điểm “Giành được chính quyền đã khó, nhưng giữ chính quyền lại càng khó hơn” của V.I. Lê nin, mà ngay từ khi mới thành lập, Đảng và Nhà nước ta đã đề cao nhiệm vụ vừa giữ vững, vừa xây dựng và củng cố bộ máy Nhà nước trong đó có hệ thống Tòa án nhân dân. Chỉ trong một thời gian ngắn sau khi giành được độc lập, ngày 13/9/1945 Chính phủ lâm thời Việt Nam Dân chủ Cộng hòa đã ban hành Sắc lệnh số 33C “thiết lập các Tòa án quân sự”. Việc thành lập Tòa án quân sự với chức năng xét xử tất cả các hành vi xâm hại đến sự vững mạnh của Nhà nước đã đánh dấu không chỉ sự ra đời của Tòa án quân sự nói riêng mà còn đánh dấu sự ra đời của hệ thống Tòa án nhân dân nói chung.

Theo Điều 1 Sắc lệnh 33C, thiết lập các Toà án quân sự ở Bắc bộ gồm có Tòa án quân sự Hà Nội, Hải Phòng, Thái Nguyên, Ninh Bình; ở Trung bộ gồm có các Tòa án quân sự Vinh, Huế, Quảng Ngãi; ở Nam bộ gồm có các Tòa án quân sự Sài Gòn, Mỹ Tho. Tiếp đến, Sắc lệnh số 07 ngày 26/9/1945 của Chủ tịch Chính phủ lâm thời Việt Nam Dân chủ Cộng hòa quy định Tòa án quân sự Hà Nội có thẩm quyền xét xử các vụ án xảy ra trên địa bàn thành phố Hà Nội và các tỉnh Hòa Bình, Phú Thọ, Sơn Tây, Hà Đông, Vĩnh Yên, Phúc Yên, Hưng Yên, Bắc Ninh, Bắc Giang.

Đồng chí Phan Mỹ được bổ nhiệm làm Chánh án đầu tiên của Tòa án quân sự Hà Nội.

Bên cạnh hệ thống Tòa án quân sự, ngày 24/01/1946 Chủ tịch Chính phủ lâm thời Việt Nam Dân chủ Cộng hoà đã ra Sắc lệnh số 13 về tổ chức các Toà án (Tòa án thường) và các ngạch Thẩm phán. Đây là Sắc lệnh đầu tiên quy định một cách đầy đủ tổ chức giải quyết các tranh chấp, xử phạt các việc vi cảnh ở cơ sở và tổ chức, nhiệm vụ của các Toà án, quy định tiêu chuẩn, nhiệm vụ, quyền hạn của các ngạch Thẩm phán. Tòa án đệ nhị cấp được thành lập ở mỗi tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, có thẩm quyền xét xử về hình sự, dân sự và thương sự (tiền thân của Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội ngày nay).

Tại Nghị định ngày 20/4/1946 của Bộ Tư pháp, Tòa án đệ nhị cấp Hà Nội có 7 Thẩm phán đệ nhị cấp, gồm Chánh án: ông Vũ Tiến Tuân; Dự thẩm: ông Nguyễn Trọng Lưu và Lê Tài Triển; Thẩm phán: ông Nguyễn Bích Liên và Vũ Tuấn Sán; Phó biện lý: ông Lê Đình Chân và Lương Văn Hòa.

Căn cứ vào yêu cầu cách mạng, ngày 14/4/1948, Chính phủ đã ban hành Sắc lệnh số 170, tổ chức lại các Tòa án quân sự. Theo đó, các Chánh án Tòa án quân sự được lựa chọn từ các Ủy viên Ủy ban hành chính kháng chiến liên khu hay tỉnh, không phải là quân nhân như trước đó. Ngày 22/5/1950, Chính phủ ban hành Sắc lệnh số 85 quy định: Toà án sơ cấp nay gọi là Toà án nhân dân huyện, Toà án đệ nhị cấp nay gọi là Toà án nhân dân tỉnh.

Trên cơ sở các Tòa án được tăng cường cán bộ cách mạng, ngày 17/11/1950, Chủ tịch nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa đã ban hành Sắc lệnh số 156 quy định việc thành lập Tòa án nhân dân liên khu và giao cho các Tòa án đó thẩm quyền xét xử cả những tội phản cách mạng. Từ đó, các Tòa án quân sự đã được nhập vào hệ thống Tòa án thường và các cán bộ của Tòa án quân sự lại được tăng cường cho Tòa án nhân dân liên khu. Cùng ngày, Chủ tịch nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa cũng ban hành Sắc lệnh số 157, tổ chức Toà án nhân dân vùng tạm bị chiếm đóng (trong đó có thành phố Hà Nội), theo đó trong những vùng tạm bị địch chiếm đóng có thể thiết lập một Toà án gọi là Toà án nhân dân vùng tạm bị chiếm. Quản hạt Toà án này có thể là một tỉnh, một số huyện trong tỉnh, hay một số xã trong một huyện hay trong nhiều huyện. Toà án nhân dân vùng tạm bị chiếm có thẩm quyền của Toà án nhân dân huyện, Toà án nhân dân tỉnh và Toà án quân sự. Các bản án của Toà án nhân dân vùng tạm bị chiếm đều được thi hành ngay.

Theo Thông tư số 141-HCTP ngày 05/12/1957 của Bộ Tư pháp quy định về tổ chức và phân công nội bộ của Tòa án, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội có Văn phòng, trong đó có 03 phòng trực thuộc là Phòng công tố, Phòng xét xử và Phòng hành chính tư pháp.

Trong thời kỳ này, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội đã tổ chức xét xử, trấn áp nhiều phần tử phản cách mạng như đã tuyên xử tử hình tên Quản Dưỡng phạm tội bắn vào đoàn nhân dân đi biểu tình ở tỉnh Hà Đông (năm 1946); xét xử bọn phản động Quốc dân Đảng đang chuẩn bị thực hiện âm mưu đảo chính ở số 7 phố Ôn Như Hầu, Hà Nội (năm 1946). Đồng thời với nhiệm vụ bảo vệ Tổ quốc, bảo vệ chế độ dân chủ cộng hòa, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội cũng đã góp phần nghiêm trị bọn địa chủ cường hào gian ác và bọn địa chủ phản động trên mặt trận phản phong kiến, như xét xử tên Nghiêm Văn Cầu, Nghiêm Văn Hảo phạm tội lăng mạ cán bộ, kích động những người bị xử lý khi cải cách ruộng đất đòi lại ruộng đất đã chia cho nông dân. Từ ngày hòa bình lập lại năm 1954, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội cũng góp phần xứng đáng trong cuộc đấu tranh giữa hai con đường: Chủ nghĩa xã hội và Chủ nghĩa tư bản, nhằm cải tạo kinh tế cũ và xã hội cũ, xây dựng kinh tế mới, xã hội mới, đời sống mới; điển hình là việc tổ chức phiên tòa xét xử Nguyễn Đình Ân và đồng bọn chuyên mua vét các loại thuốc chữa bệnh, pha chế thuốc giả, trốn lậu thuế; Chu Đình Hào phá hoại phong trào hợp tác hóa và Nguyễn Gia Ngư tham ô ở hợp tác xã nông nghiệp...