Nhằm cụ thể hoá các quan điểm, tư tưởng chỉ đạo của Đảng về đổi mới tổ chức và hoạt động của Tòa án nhân dân đã được đề ra trong các nghị quyết, văn kiện của Đảng, đặc biệt là Nghị quyết số 08-NQ/TW ngày 02/01/2002 của Bộ Chính trị “về một số nhiệm vụ trọng tâm công tác tư pháp trong thời gian tới”, ngày 02/4/2002, Quốc hội khoá X đã thông qua Luật Tổ chức Tòa án nhân dân mới thay thế Luật Tổ chức Tòa án nhân dân ngày 06/10/1992 đã được sửa đổi, bổ sung theo các Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Tổ chức Tòa án nhân dân ngày 28/12/1993 và ngày 28/10/1995.

Theo đó, Toà án nhân dân tối cao chịu trách nhiệm quản lý các Toà án nhân dân địa phương về tổ chức có sự phối hợp chặt chẽ với Hội đồng nhân dân địa phương. Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội cũng được chuyển giao về Tòa án nhân dân tối cao và nhận chuyển giao các Tòa án nhân dân cấp huyện, thành phố Hà Nội từ Sở Tư pháp Thành phố. Đây là một bước cải cách tư pháp lớn đối với hệ thống Tòa án nhân dân.

Về cơ cấu tổ chức, ngoài các Tòa chuyên trách và phòng nghiệp vụ như quy định trước đây, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội có thêm Phòng Tổ chức – Cán bộ với nhiệm vụ giúp Chánh án Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội trong việc quản lý tổ chức bộ máy, biên chế và quản lý cán bộ, công chức, thực hiện công tác cán bộ đối với Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội và Tòa án nhân dân cấp huyện, thành phố Hà Nội; giúp Hội đồng tuyển chọn Thẩm phán Tòa án nhân dân cấp tỉnh, Thẩm phán Tòa án nhân dân cấp huyện về các thủ tục hành chính trong việc xét tuyển chọn, đề nghị Chánh án Tòa án nhân dân tối cao bổ nhiệm, miễn nhiệm Thẩm phán Tòa án nhân dân cấp tỉnh, Thẩm phán Tòa án nhân dân cấp huyện, thành phố Hà Nội. Phòng Kiểm tra - Giám đốc được đổi tên là Phòng Giám đốc - Kiểm tra. Biên chế của Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội được phân bổ 158 người, trong đó có 65 Thẩm phán, 93 Thư ký tòa án và các chức danh khác.

Cùng với việc kiện toàn tổ chức bộ máy cho Tòa án nhân dân cấp tỉnh, việc tăng thẩm quyền xét xử cho các cấp Tòa án, nâng cao chất lượng tranh tụng tại phiên tòa cũng được quan tâm, chú trọng nhằm từng bước đáp ứng yêu cầu công cuộc cải cách tư pháp. 

Trong giai đoạn này, chất lượng công tác xét xử của Toà án đã được nâng lên một bước, số vụ án bị sửa nghiêm trọng hoặc bị huỷ do lỗi chủ quan của Thẩm phán năm sau giảm hơn năm trước, mặc dù sức ép về công việc năm sau nặng nề hơn năm trước với mức án phải giải quyết tăng bình quân trên dưới 15% mỗi năm. Đội ngũ Thẩm phán, cán bộ Toà án nhân dân thành phố Hà Nội đã nêu cao tinh thần trách nhiệm, kiên trì hoà giải các vụ án dân sự, hôn nhân và gia đình, góp phần giải quyết tốt mâu thuẫn trong nội bộ nhân dân, giữ gìn và tăng cường được sự đoàn kết trong cộng đồng dân cư, trong mỗi gia đình. Trong công tác xét xử các vụ án kinh tế, lao động, hành chính, Toà án nhân dân thành phố Hà Nội đã áp dụng đúng đắn pháp luật, góp phần làm lành mạnh hoá và thúc đẩy sự phát triển các hoạt động kinh tế, bảo vệ kịp thời các quyền và lợi ích chính đáng của người lao động, các đơn vị sử dụng lao động, tăng cường hiệu quả của nền hành chính nhà nước. Công tác xét xử các vụ án hình sự cũng được Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội quan tâm, chú trọng, đảm bảo xét xử đúng người, đúng tội, đúng pháp luật, đặc biệt là tổ chức tốt công tác xét xử vụ án Lã Thị Kim Oanh phạm tội tham nhũng có giá trị rất lớn, vụ án Nguyễn Văn Đài và Lê Thị Công Nhân nguyên là Luật sư phạm tội “Tuyên truyền chống Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam”, vụ án Lương Trung Việt phạm tội “Nhận hối lộ”…