Theo quy định của Hiến pháp năm 1980, Luật Tổ chức Tòa án nhân dân năm 1981, Luật Tổ chức Tòa án nhân dân sửa đổi, bổ sung năm 1988, Toà án nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương và cấp tương đương có Chánh án, các Phó Chánh án, các Thẩm phán, các Hội thẩm nhân dân, Thư ký tòa án, Chấp hành viên và tùy theo yêu cầu công tác, có các Chuyên viên pháp lý. Tổ chức của Toà án nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương và cấp tương đương gồm có: Uỷ ban Thẩm phán, các Toà chuyên trách, bộ máy giúp việc của Toà án nhân dân.

Trong tình hình mới, Bộ Tư pháp được thành lập trở lại, có nhiệm vụ quản lý các Tòa án nhân dân địa phương về mặt tổ chức, nhưng chủ yếu là quy định biên chế cụ thể cho từng Tòa án nhân dân địa phương, còn về kinh phí hoạt động vẫn do ngân sách địa phương cấp; về nhân sự như Chánh án, Phó Chánh án, Thẩm phán do Hội đồng nhân dân cùng cấp bầu (nhiệm kỳ cùng với nhiệm kỳ của Hội đồng nhân dân). Riêng việc quản lý, hướng dẫn công tác xét xử vẫn do Tòa án nhân dân tối cao đảm nhiệm.

Cơ cấu tổ chức, biên chế của Toà án nhân dân thành phố Hà Nội trong giai đoạn này có Uỷ ban Thẩm phán, Toà Hình sự, Toà Dân sự, Văn phòng và Phòng Kiểm tra – Giám đốc. Với việc kiện toàn cơ cấu tổ chức, thành lập các toà chuyên trách về hình sự, dân sự ở Toà án nhân dân thành phố Hà Nội đã giúp hoạt động của Toà án bắt đầu được chuyên môn hoá theo lĩnh vực xét xử, qua đó nâng cao chất lượng công tác, góp phần hoàn thành nhiệm vụ chính trị được giao.

Về thẩm quyền xét xử, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội có thẩm quyền xét xử sơ thẩm, xét xử phúc thẩm các vụ án theo quy định của pháp luật, giám đốc thẩm hoặc tái thẩm những bản án và quyết định đã có hiệu lực pháp luật của các Toà án nhân dân cấp huyện, thành phố Hà Nội.

Trong giai đoạn này, mặc dù đất nước còn nhiều khó khăn về kinh tế do thiên tai, chiến tranh ở biên giới phía Bắc và phía Tây Nam của Tổ quốc, song Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội đã cùng với hệ thống Tòa án nhân dân, các ngành, các cấp phát huy những nhân tố tích cực, khắc phục khó  khăn giành nhiều thắng lợi to lớn, góp phần giữ vững an ninh trật tự trên địa bàn Thủ đô. Những vụ án tiêu biểu mà Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội đã tổ chức xét xử trong giai đoạn này là vụ án Lê Anh Tâm lái xe, lợi dụng chuyên chở để chiếm đoạt gần 30 tấn thóc; vụ án Quan Văn Tài và đồng bọn lưu hành gần 7 nghìn kg tem lương thực giả; vụ án Vũ Thị Bích Thìn buôn lậu vàng, kim cương trị giá gần 67 vạn đồng; vụ án Phạm Đăng Hùng giết người, cướp của ở số 7 Phạm Đình Hổ (năm 1977)… Bên cạnh xét xử các vụ án hình sự, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội đã đóng vai trò quan trọng trong việc giải quyết các tranh chấp trong nội bộ nhân dân, các việc về hôn nhân và gia đình.