Theo quy định của Hiến pháp năm 1959, Luật Tổ chức Tòa án nhân dân năm 1960, Pháp lệnh về Tổ chức Toà án nhân dân năm 1961 và các văn bản hướng dẫn của Tòa án nhân dân tối cao, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội gồm Uỷ ban Thẩm phán, Chánh án, một hoặc nhiều Phó Chánh án và các Thẩm phán, do Hội đồng nhân dân cùng cấp bầu ra và bãi miễn với nhiệm kỳ 4 năm. Ngoài ra, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội còn có nhân viên chấp hành án làm nhiệm vụ thi hành những bản án và quyết định về dân sự, những khoản xử về bồi thường và tài sản trong các bản án và quyết định về hình sự. Năm 1961, tổng số Thẩm phán của Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội có từ 6 đến 7 người, đến năm 1979 được phân bổ tối đa là 21 người.

Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội do Tòa án nhân dân tối cao quản lý về bộ máy làm việc, biên chế và quản lý, hướng dẫn về công tác xét xử.

Về thẩm quyền, Toà án nhân dân thành phố Hà Nội xét xử:

- Sơ thẩm những vụ án hình sự không thuộc thẩm quyền của Toà án nhân dân thành phố thuộc tỉnh, thị xã, huyện hoặc đơn vị hành chính tương đương và những vụ án hình sự thuộc thẩm quyền của các Toà án đó, nhưng xét thấy quan trọng hoặc phức tạp, cần lấy lên để xử;

- Sơ thẩm những vụ án dân sự thuộc thẩm quyền của Toà án nhân dân thành phố thuộc tỉnh, thị xã, huyện hoặc đơn vị hành chính tương đương, nhưng xét thấy quan trọng hoặc phức tạp, cần lấy lên để xử;

- Phúc thẩm những bản án hoặc những quyết định sơ thẩm của Toà án nhân dân thành phố thuộc tỉnh, thị xã, huyện hoặc đơn vị hành chính tương đương bị chống án hoặc bị kháng nghị;

- Xử lại những vụ án do Toà án mình hoặc Toà án cấp dưới đã xử mà bản án hoặc quyết định đã có hiệu lực pháp luật, nhưng Toà án nhân dân tối cao giao cho xử lại.

Ngoài ra, Toà án nhân dân thành phố Hà Nội còn có nhiệm vụ xây dựng tổ chức tư pháp ở địa phương, huấn luyện Thư ký toà án cho địa phương, huấn luyện cán bộ tư pháp cho thị trấn và xã, tổ chức việc tuyên truyền giáo dục pháp luật trong nhân dân.

Trong giai đoạn này, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội đã tổ chức tốt công tác xét xử các loại vụ án thuộc thẩm quyền, góp phần bảo vệ chế độ Nhà nước xã hội chủ nghĩa, bảo vệ công cuộc xây dựng nền kinh tế xã hội chủ nghĩa, đấu tranh chống các tội phạm hình sự, kinh tế, giữ vững trật tự trị an, an toàn xã hội, bảo đảm sự đoàn kết trong nội bộ nhân dân. Các vụ án tiêu biểu mà Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội đưa ra xét xử trong giai đoạn này là vụ án xét xử tên gián điệp Thái Nhữ Siêu, tay sai của Trung Quốc chui vào tổ chức cách mạng của ta hoạt động tình báo; xét xử vụ Nguyễn Trần Cường cùng đồng bọn phạm tội lưu hành văn hóa phẩm đồi trụy; xét xử Tạ Đình Đề với tội danh “Tham ô tài sản xã hội chủ nghĩa”; xét xử vụ Nguyễn Đình Bình và đồng bọn tổ chức đi lấy các rơ moóc, tháo bánh xe ô tô lấy xăm, lốp, lấy tôn, thép của Nhà nước; xét xử Lê Tuấn Ngọc phạm tội tổ chức cướp tiền của mậu dịch viên...

Đặc biệt, trong giai đoạn này, thực hiện Luật Hôn nhân và Gia đình năm 1959, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội đã chủ động tuyên truyền, phổ biến pháp luật, quán triệt quan điểm chống tàn dư phong kiến, tư sản trong quan hệ hôn nhân và gia đình. Đồng thời, chú trọng công tác xét xử các vụ án ly hôn để vừa bảo đảm quyền lợi của người phụ nữ, vừa giải quyết thỏa đáng vấn đề hôn nhân của các đồng chí ở miền Nam tập kết ra Bắc và yên lòng các đồng chí đi chiến đấu ngoài mặt trận.